На гитхабе обновлена работа с конфигом. Погонял, потестил у себя — работает все так, как ожидается. Допустим, есть плагин 'test' и у него такой конфиг-файл:

$config['zero'] = 0;

И мы можем получить значение конфига плагина обычным путем:

// Получить значение конфига плагина
Config::Get('plugin.test'); // ['zero => 0]

Но можем так же прочитать те значения конфига плагина, которые сохранялись через Config::WritePluginConfig():

// Получить значение сохраненного конфига плагина
Config::ReadPluginConfig('test'); // null

Изначально это — null.

Теперь сохраняем программно новые значения и смотрим, что имеем на выходе:
Config::WritePluginConfig('test', ['one' => 1, 'two' => 2]);
Config::Get('plugin.test'); // ['zero => 0, 'one' => 1, 'two' => 2]
Config::ReadPluginConfig('test'); // ['one' => 1, 'two' => 2]

Т.е. обычный Config::Get() возвращает все ключи конфига, как из конфиг-файла, так и сохраненные программно, а Config::ReadPluginConfig() возвращает только программно сохраненные ключи конфига.

Еще примеры программных манипуляций конфигом:

// Сброс конкретного ключа
Config::ResetPluginConfig($sPluginName, 'one');
Config::Get('plugin.test'); // ['zero => 0, 'two' => 2]
Config::ReadPluginConfig('test'); // ['two' => 2]

// Сброс всех сохраненных настроек конфига заданного плагина
// Настройки, заданные в конфиг-файле плагина не меняются
Config::ResetPluginConfig($sPluginName);
Config::Get('plugin.test'); // ['zero => 0]
Config::ReadPluginConfig('test'); // null

// Сохранение ключа 'webpaths'
Config::WritePluginConfig($sPluginName, ['webpaths' => ['foo']]);
Config::Get('plugin.test'); // ['zero => 0, 'webpaths' => ['foo']]
Config::ReadPluginConfig('test'); // ['webpaths' => ['foo']]

// Значение ключа 'webpaths' будет заменено на новый массив
Config::WritePluginConfig($sPluginName, ['webpaths' => ['bar']]);
Config::Get('plugin.test'); // ['zero => 0, 'webpaths' => ['bar']]
Config::ReadPluginConfig('test'); // ['webpaths' => ['bar']]

// Действие, аналогичное директиве config['$root$'] в конфиг-файле плагина
Config::WritePluginConfig('test3', ['$root$' => ['router.uri' => ['aaa' => 'bbb']]]);
Config::Get('plugin.test'); // ['zero => 0, 'webpaths' => ['bar']]
Config::ReadPluginConfig('test'); // ['webpaths' => ['bar'], '$root$' => ['router.uri' => ['aaa' => 'bbb']]]

Последний пример примечателен тем, что через конфиг плагина он воздействует на общий конфиг приложения — добавляет значение в секцию 'router.uri'.

В принципе, мы могли бы воздействовать на конфиг приложения напрямую через Config::Set() или через Config::WriteCustomConfig(). Но использование Config::WritePluginConfig() является более предпочтительным и вот почему: если плагин отключается в админке, то все его настройки, которые были сделаны через Config::WritePluginConfig() также будут отключены автоматически.