Обновил до 5.6.8. Не помогло.

Я бы сказал, проблема явно в опкэше) И он валится на конкретном файле.

Очепятался, 5.5.9 конечно же. Почему проблема явно не в OPCache? С ним как раз бывают косяки.

Удалось обойтись без отключения OPCache.
В php.ini нужно прописать opcache.blacklist_filename="/*путь_к_корню_проекта*/engine/libs/DbSimple3/lib/DbSimple/Database.php"

php.ini установка opcache.enable=0 помогла.

0x00007fa415b813ba in zend_hash_find () from /usr/lib/apache2/modules/libphp5.so

И фаерфокс, ничего не меняется в зависимости от браузера. Похоже, дело в подении апача, сейчас буду coredump смотреть, который почему-то записываться пока не хочет.

в логах alto ничего по этому поводу, а вот лог апача(почему я сразу в него не посмотрел не знаю) пишет такую гадость: child pid 13627 exit signal Segmentation fault (11), possible coredump in /etc/apache2

ничего не понимаю что происходит, как такое может быть

Еще интереснее, страница загружается один раз после того как комментируешь или раскомментируешь строчку. то есть: закомментил — обновил, загрузилась. Еще раз обновил — не загрузилась, раскомментил — загрузилась, итд.

Забавно, в итоге если я комменчу строку engine/libs/DbSimple3/lib/DbSimple/Database.php:1567, которая содержит return $smart; метода debug_backtrace_smart, то все работает)

Если еще точнее, Database.class.php:67
$oDbSimple = new DbSimple_Connect($sDsn);

Если точнее, при вызове Engine::ModuleUser()

Отваливается на Engine::InitHooks();