Подключил SSL в настройках поменял:
$config['path']['root']['url'] = 'https://имясайта/';
$config['path']['root']['dir'] = ALTO_DIR . '/';
$config['path']['offset_request_url'] = '3';
$config['path']['runtime']['url'] = '/https://имясайта/_run/';
или
$config['path']['runtime']['url'] = '/_run/';
Но результат один и тот же, ни чего не работает

Изменил параметры путей на
$config['path']['root']['url'] = 'https://имясайта.ru/';
$config['path']['root']['dir'] = ALTO_DIR . '/';
$config['path']['offset_request_url'] = '0';
$config['path']['runtime']['url'] = '/_run/';
$config['path']['runtime']['dir'] = 'имясайта/_run/';
— если посмотреть исходный код, ссылки отображаются без имени сайта

— Так же в корне сайта появились папки:
-www/имясайта.ru/_run, _tmp, uploads
-имясайта.ru/_run/assets
Это из-за того что не правильно указаны пути в конфиге ?
P.S. В файле htaccess добавил правила редиректа с www на без www
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ https://%1/$1 [R=301,L]
Но вот рабочий вариант прямо с сайта, который работает по HTTPS
Остановился на таком варианте:
Изменил пути, так как Вы написали, тоже вроде работает без особых косяков =)