Если у Вас будет отдельная мобильная версия шаблона, я бы сделал субдомен (его в любом случае надо делать), на сервере установил бы в директорию субдомена ещё одну версию движка с подключением к той же базе данных, но с другим шаблоном. И в файлах .htaccess настроил бы редиректы.
Есть так же варианты настройки открытия сайта на домене или субдомене в зависимости от устройства пользователя. При этом версия сайта всегда одна, т.е. находится в одной директории на сервере, меняется только домен — субдомен... Конечно, второй вариант вероятно проще. Но как быть с дублированием контента — наверное из подмены доменом или редиректов надо исключить ботов, хотя и боты тоже имеют сейчас задачу проверять сайт на мобильность (адаптивность под различные гаджеты)... Надо экспериментировать)))