Так точно. Тему можно закрывать. Благодарю всех за сотрудничество и помощь!

Добавил. Уже лучше, появилось цмсовское 404. А не просто нот фаунд. Но все равно нет админки. Сервер Апач на Дебиане. Никаких правок не было. Стандартный апач.

Нет, тоже не работает.

$config['path']['root']['url'] = 'http://kesklinn.ee/kcms/alto/';
$config['path']['root']['dir'] = '/var/www/admin/www/kesklinn.ee/kcms/alto/';
$config['path']['offset_request_url'] = '3'; /* 1, 2, 3, 4, 5 тоже пробовали */

Ставил 2 раза — одно и то же. Нет админки.