https://ru.wikipedia.org/wiki/Diff
https://ru.wikipedia.org/wiki/Patch_(UNIX)

Не совсем понятен смысл того что вы собираетесь делать, но вы можете в любом случае сделать diff и потом patch между версиями.

«Копать» тут можно только в одну сторону — в сторону смены хостера, причем лучше всего сразу хоть небольшого но VDS.

А это что? http://altocms.ru/addons/item/136/

1) нет темы данного плагина

Что в ыимеете в виду под темой для подобного плагина?

...../common/config/jevix.php
или
...../common/config/qevix.php
в зависимости от текущего обработчика

Я в этом смысле завидую ВордПресс. Дыра на дыре, код-гавно все в перемешку...и 30 % от всех сайтов в интернет и 60% от сайтов использующих CMS... Ну и фичи которых у Альто просто нет (хоть тот же провайдер OpenID, микросервисы, серверы очередей) — в вордпресс в нескольких вариантах реализации...

К тому же самое объемное в сайте- это обычно жаба-библиотеки, которые шо для полной шо для мобильной версии- одинаковые :)
констралить же отдельный шаблон ради нескольких строчек в css- имхо несколько неразумно...

собственно вопрос про мобильную версию вероятно возник именно потому что «простые вещи понять не в силах».
Мобильные версии были популярны лет 20 назад. Потому что доступ к ним шел через тоооооненький ручеек wap...и действительно отдельный шаблон для мобильной версии имел смысл...
А потом научились делать резиновый шаблон, да и ручейки превратились в достаточно мощный поток выдерживающий не только мегабайты самого сайта но и видео... и смысл в спецшаблонах для мобильной версии — вобщем-то потерялся...

ваш хостинг использует какое нибудь кэширование-проксирование-защиту от ddos-а?

два разных сайта? :)

это одна и та же ссылка, которую видно на главной странице, первая- если зайти ан сайт по http, вторая- если зайти по https

https://abrahabr.ru/index/newall/
https://abrahabr.ru/posts/newall/

проблемное место выделено

нет. так дело не пойдет. надо смотреть лог ошибок сервера и альто...
если ошибку создает альто — то вероятно что-то в конфиге криво...

ссылка с сайта при доступе по http:
https://abrahabr.ru/index/newall/

ссылка с сайта при доступе по https:
https://abrahabr.ru/posts/newall/

чтото гдето криво в конфиге...

ошибку создает веб сервер или альто?

NameBasedVirtualHost бывает только по http.
делаете два виртуальных хоста по имени для сайтов по http, а для этого сайта- делаете дефолтный по https
и никаких реврайтов нигде...
только настройку альто соблюсти правильную

вариант просто отключить http в веб-сервере оставив только https не рассматривался?

А как веб сервер сам узнает соответствие между
https://site.ru/sample-topic.html (урл по которому пришел юзер)
и
https://site.ru/blog-name/123.html (урл по которому отдает материал cms)
?

личный блог тут -это то что называтеся «блог имени ....» — это автоматически создаваемый блог юзера. обычно встает вопрос как отключить эти блоги а не как только их оставить :)
все остальные блоги — по сути коллективные... назовите блог «сообществом»...и будет вам счастье...

То что тут называется блогами — позволяет писать в блог любому подписчику блога.
на блог можно выставить права для любого подписчика (чтение, модерирование, администрирование, забанен), Блог можно сделать скрытым или закрытым (отличаются видимостью в списке блогов).