Да, было бы здорово, если бы сообщество поживее шуршало. Потенциал-то у движка хороший...

А отключать merge для css и js в админке пробовал?

Site settings — CSS and javascript — поснимать галки.
У меня было, что стили не грузились из файла, потому что подключались из «упакованной» версии.

А таблицу CSS в каком файле редактировал?

Почему ты думаешь, что проблема в js, а не в css?
Классы ссылок в инспекторе можешь посмотреть?

Потому что у тех, кто мог бы её написать, нет на это времени или желания.)

Если каких-то папок нет, создай их там — в /app/templates/skin/experience/ создаёшь settings, в ней config, а туда копируешь файл menu.php
В папке app лежат настройки сайта и шаблонов, которые должны сохраняться, когда обновляются движок сайта или шаблоны.
Вот тут про неё почитай:
http://altocms.ru/1236.html

Как включить-отключить меню 3 уровня, рассказывали вот здесь:
http://altocms.ru/1198.html

Найди файл /common/templates/skin/experience/settings/config/menu.php, скопируй его в каталог /app/templates/skin/experience/settings/config/menu.php

Ты этот файл нашёл?
Если да, в нём есть строчка $config['data']['blog_list'] и дальше список элементов меню. Их можно менять.

Раньше сообщество было активнее, больше помогали. Сейчас народу мало и админ что-то редко заглядывает.

Для моей задачи ничего лучшего не нашлось.) Хотя альто неидеален, конечно. Много допиливать приходится и документации очень не хватает.
С нуля полностью писать свой движок — пока квалификации мало, пришлось выбирать что-то из готовых.

Умеренно. Сейчас на нём делаю сайт, но не могу сказать, что прямо замечательно его знаю.)
Учусь в процессе. :)

А сам скрипт запускается? Функция setInterval в принципе срабатывает?
Проверь первым делом это, повесь туда alert или вывод чего-нибудь в консоль.

Скинов мало, потому что скины делать сложно.)

Про меню третьего уровня в админке — а что народ может сказать, если народ админку не делает? :) Настраивай через конфиг.

Проблема в том, что где-то вызывается функиция SetUrl с пустой строкой в качестве параметра. В строке 134 идёт обращение к нулевому символу строки $sUrl, а его нет.
Чтобы исправить, лучше к автору обратиться.) Попробуйте в гите написать:
https://github.com/altocms/altocms/issues