Согласен с вами, что приложение как дополнительная плюшка не помешает. Особенно, если в приложении реализованы функции, недоступные мобильным версиям сайтов. Например, Яндекс.Карты в виде мобильной версии сайта, вряд ли удастся сделать такими же удобными, как отдельное приложение. Но! Если функционал приложения реализуем в мобильном браузере, то в первом приоритет я бы хотел видеть мобильную версию, а затем уже приложение.

Объясните мне неученому зачем создавать отдельные приложения для сайтов, когда можно затратить усилия на качественную мобильную версию с кэшем и локальным хранилищем? Я, например, регулярно посещаю 20-30 сайтов с телефона, неужели для каждого надо ставить приложение и это будет удобно?

Вопрос как раз технический, хочется понять в каком случае использовать ту или иную технику кастомизации. Ну и еще получить краткое описание, что куда копировать, какие конфиги менять.